克罗恩病主要表现为腹痛、腹泻、体重下降和营养不良。临床表现按疾病进展可分为早期、活动期和并发症期三个阶段。
早期症状以间歇性右下腹或脐周疼痛为主，疼痛常于进食后加重，排便后缓解。腹泻多为稀便或糊状便，每日3-5次，通常不带脓血。部分患者可能出现低热、乏力等全身症状。
活动期症状加重，腹痛转为持续性，腹泻次数增加至每日6次以上，粪便中可见黏液或脓血。约30%患者出现肛周病变，包括肛裂、肛瘘或肛周脓肿。肠外表现如关节炎、结节性红斑、葡萄膜炎等在此阶段更易显现。
并发症期可发生肠梗阻、肠穿孔、腹腔脓肿等严重情况。长期慢性炎症导致肠壁增厚、狭窄，约50%患者最终需要手术治疗。营养吸收障碍引发贫血、低蛋白血症，儿童患者可能出现生长发育迟缓。
实验室检查常见C反应蛋白升高、血沉增快、粪便钙卫蛋白阳性。内镜检查可见节段性分布的纵行溃疡、鹅卵石样改变，病理显示非干酪样肉芽肿具有诊断价值。
