治疗疟疾的药物主要有青蒿琥酯、蒿甲醚、氯喹、伯氨喹、哌喹等，患者应在医生指导下根据疟原虫种类和病情严重程度选用合适药物，并及时就医确诊。
1.青蒿琥酯
青蒿琥酯是青蒿素类衍生物，对恶性疟原虫和间日疟原虫均有很强的杀灭作用，尤其适用于脑型疟、重症疟疾的抢救治疗。该药物通过干扰疟原虫的线粒体功能，抑制其蛋白质合成，从而快速清除血液中的疟原虫。青蒿琥酯常与其它抗疟药联合使用，以减少耐药性的产生，提高治愈率。使用时需监测患者肝肾功能，孕妇及过敏体质者需在医生严格评估后使用。
2.蒿甲醚
蒿甲醚同样属于青蒿素类药物，其抗疟活性强于青蒿素，主要用于治疗恶性疟和间日疟，尤其对耐药性疟原虫感染有效。蒿甲醚能迅速杀灭红细胞内期的疟原虫，缓解寒战、高热、出汗等典型发作症状。临床常制成油针剂，用于不能口服的重症患者。该药不良反应较少，偶见网织红细胞减少，用药期间需监测血常规。不可自行调整剂量，应严格遵医嘱完成疗程。
3.氯喹
氯喹是经典的4-氨基喹啉类抗疟药，对间日疟原虫红内期和恶性疟原虫敏感株有效。它通过影响疟原虫的血红素代谢，阻断核酸合成，从而杀灭疟原虫。氯喹曾因广泛使用导致部分地区的恶性疟原虫产生耐药性，因此目前多用于对氯喹敏感地区的间日疟治疗。常见不良反应包括恶心、头痛、视力模糊，长期大剂量使用可能引起视网膜病变。使用前应进行疟原虫耐药性评估，在医生指导下用药。
4.伯氨喹
伯氨喹是8-氨基喹啉类抗疟药，主要用于根治间日疟和卵形疟，能杀灭肝细胞内的休眠子（迟发型子孢子），防止疟疾复发。同时，伯氨喹对配子体也有杀灭作用，可阻断疟疾传播。该药对红细胞内期疟原虫作用较弱，因此常与氯喹或青蒿素类药物联合使用。葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症患者服用伯氨喹可能诱发溶血性贫血，使用前必须进行G6PD酶活性检测，并在医生监护下完成治疗。
5.哌喹
哌喹为4-氨基喹啉类长效抗疟药，主要用于恶性疟的治疗，尤其对氯喹耐药性疟原虫株有效。哌喹口服吸收良好，半衰期长，可单次或分次给药，适合感染控制后的巩固治疗。它通过抑制疟原虫的DNA复制和蛋白质合成发挥抗疟作用。常见于青蒿素联合疗法中与青蒿琥酯组成复方制剂，提高疗效。偶见头晕、嗜睡、胃肠不适，严重心脏病或肝功能不全者慎用，需在医生指导下进行全程治疗。
疟疾患者在使用这些药物治疗期间，应注意充分休息，保证营养摄入，适量饮用温开水以防脱水，避免劳累和受凉。饮食宜清淡易消化，可选择米粥、面条、蔬菜汤等，避免辛辣油腻食物。同时注意防蚊隔离，使用蚊帐、驱蚊剂等防止再次感染或传播。如果出现高热不退、意识改变、尿量减少等危重症状，必须立即到正规医院感染科就诊，切勿自行加药或停药，完成足疗程治疗是防止复发和耐药的关键。
