贲门失弛缓症可能由神经肌肉功能障碍、遗传因素、病毒感染、自身免疫反应、精神心理因素等原因引起。
贲门失弛缓症与食管下括约肌神经支配异常密切相关。迷走神经节变性导致抑制性神经元缺失，食管壁肌间神经丛中一氧化氮合酶阳性神经元减少，使贲门无法正常松弛。这种神经源性病变可通过食管测压观察到特征性高压带。
约7%患者存在家族聚集现象，全基因组关联研究发现HLA-DQ、ACTA2等基因多态性与发病相关。某些先天性综合征如Allgrove综合征患者更易合并该病，提示遗传因素在发病机制中的作用。
部分患者在发病前有病毒感染史，水痘-带状疱疹病毒、麻疹病毒可能通过分子模拟机制诱发自身免疫反应。病毒颗粒在食管肌间神经丛的潜伏感染，可能导致神经节细胞持续性损伤。
40%患者血清中检出抗神经元抗体，特别是抗Hu抗体阳性率显著增高。这些抗体可能攻击肌间神经丛的抑制性神经元，同时常合并其他自身免疫病如干燥综合征、系统性硬化症。
长期焦虑抑郁状态通过脑-肠轴影响胃肠功能，应激状态下释放的促肾上腺皮质激素释放激素可抑制食管蠕动。心理评估显示30%患者存在明显焦虑抑郁量表评分异常。
日常需注意少食多餐、避免高脂饮食，进食后保持直立姿势，可选择酸奶、米粥等易消化食物。适度进行腹式呼吸训练有助于改善症状，严重吞咽困难时需及时进行食管扩张术或肌切开术治疗。
