萎缩性胃炎的治疗药物主要包括抑制胃酸分泌药、胃黏膜保护剂和根除幽门螺杆菌药物三类。常用药物有奥美拉唑、铝碳酸镁和胶体果胶铋，具体用药方案需结合胃黏膜损伤程度和幽门螺杆菌感染情况制定。
抑制胃酸分泌药能减轻胃酸对炎症黏膜的刺激。质子泵抑制剂如奥美拉唑通过阻断胃壁细胞氢钾ATP酶，显著降低胃内酸度；H2受体拮抗剂如雷尼替丁可竞争性抑制组胺对壁细胞的刺激作用。这类药物适用于胃黏膜糜烂或反酸症状明显者，用药期间需注意长期使用可能影响钙吸收。
胃黏膜保护剂可在受损黏膜表面形成保护层。铝碳酸镁能中和胃酸并吸附胆汁酸，特别适合伴有胆汁反流的患者；胶体果胶铋能与炎症部位蛋白质结合形成保护膜，同时刺激前列腺素分泌促进黏膜修复。使用铋剂期间可能出现黑便，属正常药物代谢现象。
根除幽门螺杆菌需采用四联疗法。标准方案包含质子泵抑制剂、两种抗生素如阿莫西林+克拉霉素和铋剂，疗程通常为14天。治疗前应进行碳13/14呼气试验确认感染，用药期间需严格遵医嘱完成全程治疗，避免耐药性产生。
部分患者可配合使用促胃肠动力药。多潘立酮能增强胃窦收缩力，改善胃排空功能；莫沙必利通过激活5-HT4受体协调胃十二指肠运动。这类药物适用于伴有早饱、腹胀等动力障碍症状者，但需注意与抗胆碱药合用时可能降低疗效。
中成药在辅助治疗中具有一定作用。胃复春片含香附、枳壳等成分，能改善胃黏膜微循环；摩罗丹由百合、茯苓等组成，有助于缓解胃脘胀痛。使用中成药时应辨证施治，避免与西药发生相互作用。
