调经种子丸不宜与抗凝血药物、激素类药物、强效泻药、含重金属的中药制剂以及部分抗生素同时使用。
调经种子丸作为妇科常用中成药，其成分可能与其他药物产生相互作用。抗凝血药物如华法林与调经种子丸合用时可能增加出血风险，因部分活血化瘀类中药可能增强抗凝效果。激素类药物包括雌激素制剂或糖皮质激素，可能干扰调经种子丸对内分泌的调节作用，影响疗效评估。含大黄等成分的强效泻药与调经种子丸同服可能导致胃肠功能紊乱，加重腹泻症状。
含朱砂、雄黄等重金属的中药制剂与调经种子丸联用可能增加肝肾代谢负担，长期合用存在毒性累积风险。部分抗生素如四环素类可能与调经种子丸中的金属离子形成络合物，降低双方药效。特殊情况下如必须合用，需间隔两小时以上服用，并密切监测不良反应。
使用调经种子丸期间应避免饮酒及辛辣刺激性食物，保持规律作息。服药两周后症状未改善或出现皮肤瘙痒、异常出血等情况应立即停用并就诊。备孕或妊娠期女性用药前需经中医师评估，合并慢性病需长期服药者应提前告知医生用药史，定期复查肝肾功能与凝血功能。
