小阴茎患者通常不建议单纯依靠药物进行治疗，药物治疗主要用于特定病因（如激素缺乏）且需在医生严格指导下进行。小阴茎的处理方式主要取决于病因和年龄，常见方法包括激素治疗、心理支持、手术治疗等。
对于明确诊断为激素缺乏（如促性腺激素分泌不足）的小阴茎患者，尤其是青春期前的儿童，医生可能会建议使用人绒毛膜促性腺激素或睾酮制剂等药物进行短期干预。这类药物通过补充外源性激素，刺激阴茎海绵体组织发育，可能对部分患者起到改善作用。但药物治疗有严格的适应症，并非所有小阴茎患者都适用，且必须在专业医生评估后，通过血液激素水平检测、骨龄测定等明确病因，才能决定是否用药。自行使用激素药物可能导致骨骺提前闭合、性早熟或内分泌紊乱等严重后果。
对于大多数小阴茎患者，尤其是成年后阴茎长度仍明显低于正常范围且伴有功能障碍者，药物治疗效果有限。此时更常见的是通过心理疏导帮助患者建立正确的身体认知，减轻焦虑和自卑情绪；同时可配合物理牵引或真空负压装置等非药物手段进行辅助治疗。若上述方法无效且严重影响生活质量，医生会评估是否需要进行阴茎延长术或阴茎增粗术等手术方式。手术主要针对阴茎长度过短且勃起功能正常者，但需明确手术风险，如瘢痕形成、感觉减退或勃起功能障碍等。无论选择哪种方案，患者都应在泌尿外科或男科医生指导下，结合自身激素水平、发育阶段和心理状态制定个体化方案。
小阴茎患者应首先到正规医院泌尿外科或内分泌科就诊，通过激素六项、染色体核型分析等检查明确病因。日常生活中需注意均衡营养，避免过度肥胖，因为脂肪堆积可能掩盖阴茎长度。同时保持积极心态，避免因外观焦虑而盲目尝试非正规药物或器械。对于合并隐睾、尿道下裂等先天畸形者，需优先处理原发病。任何治疗都应以改善功能和心理健康为核心目标，而非单纯追求外观尺寸。
