往肛门内灌肠的疼痛程度因人而异，通常属于轻度到中度不适感。疼痛感受主要与操作方式、肠道敏感度、液体温度及成分等因素相关。灌肠操作规范时多数人仅感到轻微腹胀或便意，但存在肠道炎症、肛裂等病变时可能出现明显疼痛。
规范操作的灌肠疼痛感类似排便前的腹部压迫感，液体温度接近体温、流速缓慢时可最大限度减少刺激。使用专用灌肠器具能避免机械损伤，选择等渗溶液比高渗溶液更温和。操作前排空肠道、保持放松体位有助于降低不适，初次操作者建议由医护人员指导。
当存在痔疮急性发作、溃疡性结肠炎活动期、直肠肿瘤等病变时，灌肠可能引发剧烈疼痛甚至出血。先天性巨结肠患者因肠道神经节缺失，灌肠压力过高可能导致肠穿孔。自行操作时误用刺激性液体如肥皂水、温度过高或过低均会显著增加疼痛风险。
灌肠后出现持续腹痛、便血或发热需立即就医。日常预防便秘可增加膳食纤维摄入、养成定时排便习惯，减少灌肠需求。特殊人群如孕妇、儿童、老年患者应在医生评估后决定是否进行灌肠治疗，避免自行操作导致并发症。
