甜叶菊通常不建议长期大量食用，可能影响血糖代谢平衡与肠道菌群稳定。甜叶菊苷作为主要甜味成分，过量摄入可能干扰胰岛素敏感性，部分人群可能出现胃肠不适或低血糖反应。
甜叶菊提取物的甜度约为蔗糖的200-300倍，长期高剂量摄入可能通过持续刺激甜味受体，导致机体对天然甜味的敏感度下降。甜菊糖苷在肠道内不被分解吸收，过量时会改变肠道渗透压，引发腹胀或腹泻。部分研究发现甜叶菊可能干扰肝脏代谢酶活性，影响药物代谢过程，但尚需更多临床数据支持。
糖尿病患者使用甜叶菊代糖时可能出现血糖波动异常，尤其与降糖药物联用时需谨慎。极少数体质敏感者可能对甜菊糖苷产生过敏反应，表现为皮肤瘙痒或呼吸道症状。孕妇及哺乳期妇女缺乏安全性研究数据，建议控制摄入量。
日常使用建议将甜叶菊与其他天然甜味剂轮换食用，单日摄入量不超过4毫克每公斤体重。食用后出现心慌、出汗等低血糖症状应及时就医。烹饪时避免高温长时间加热，以防甜菊糖苷结构分解产生苦味。特殊健康状况者使用前应咨询营养师或建立个性化饮食方案。
