百令胶囊和金水宝的副作用较小的情况因人而异，需根据个体体质和用药适应症综合判断。百令胶囊主要成分为发酵冬虫夏草菌粉，金水宝则为虫草菌粉制剂，两者均属于补益类中成药，常见不良反应包括胃肠不适、过敏反应等，但发生率较低。
百令胶囊的发酵工艺使其有效成分更易吸收，对胃肠刺激相对较小，临床多用于肺肾两虚证，可能出现轻微口干或食欲减退。金水宝的虫草素含量较高，肾功能不全者需谨慎使用，偶见皮疹或头晕现象，但多数症状在停药后自行缓解。
特殊情况下，两种药物超剂量使用均可能导致肝功能指标异常，过敏体质者服用金水宝出现荨麻疹的概率略高，而百令胶囊与免疫抑制剂联用时需警惕药物相互作用。糖尿病患者应注意金水宝辅料中的糖分可能影响血糖控制。
使用前应严格遵循中医辨证施治原则，避免自行联合用药。服药期间出现持续腹胀、皮肤瘙痒等症状应及时就诊，慢性病患者需定期监测肝肾功能。建议在医生指导下选择药物，阳虚体质者更适合百令胶囊，而金水宝对肺气虚证效果更显著，两者均须避免与辛辣食物同服。
