有扁桃体炎一般可以做核酸检测。扁桃体炎通常不会影响核酸检测的准确性，但若存在严重咽喉肿痛或采样困难时可能需调整采样方式。
核酸检测主要通过采集上呼吸道分泌物检测病原体核酸，扁桃体炎引起的局部炎症对采样过程影响较小。常规咽拭子采样时，医护人员会用棉签轻触扁桃体周围及咽后壁获取样本，轻度咽喉红肿不会妨碍操作。对于配合度较好的患者，扁桃体分泌物还可能提高病毒检出率，尤其当扁桃体炎由目标病原体直接引起时。
急性化脓性扁桃体炎伴剧烈咽痛或明显咽喉水肿时，可能增加采样难度。此时医护人员会优先选择鼻咽拭子替代口咽拭子，或建议症状缓解后复测。部分儿童因扁桃体肥大无法耐受咽拭子，也可改用粪便样本进行肠道病毒核酸检测。采样前应主动向检测人员说明扁桃体炎病情，避免强行采样导致黏膜损伤。
扁桃体炎患者检测前可用温盐水漱口缓解不适，但避免使用含消毒成分的漱口水以免干扰结果。采样后应多饮水保持咽喉湿润，合并发热者需与检测机构确认是否需暂缓检测。日常需注意区分扁桃体炎症状与新冠感染相似表现，若出现味觉丧失等特异性症状应及时复测。
