两者的区别主要在于适应症不同。柴胡口口服液和小柴胡颗粒的区别在于所治疗的症状不同，药物的功效不同。小柴胡口服液主要是帮助治疗食欲不振，心烦喜呕，口苦呕干，胸部满闷不适等症状。而柴胡口服主要是帮助治疗有外感风热所致的感冒，缓解发热，咽痒或痛，流涕，咳嗽，全身酸痛无力，打喷嚏等症状，两者治疗疾病是有所不同的。
使用药物时应尽量避免自己盲目用药，避免造成不良反应，必须在医生的指导下进行用药。需注意，不管是服用那种药物，服药期间都需注意忌烟酒及辛辣、生冷、油腻食物小柴胡颗粒不适用于风寒或风热感冒，而是主要医治少阳证。而柴胡口服液比较常用一点，比较适合风热感冒。两者的作用对象不同。应在医师指导下服用。
