肝囊肿多数情况下属于良性病变且无明显危害。肝囊肿的危害性主要与囊肿大小、数量、位置及是否合并感染等因素相关，通常表现为压迫症状、感染风险、罕见并发症三类。
体积较大的肝囊肿可能压迫周围器官引发不适。囊肿直径超过5厘米时可能挤压胃部导致餐后饱胀感，压迫膈肌可引起呼吸受限，压迫胆管可能诱发轻度黄疸。这类情况通过超声引导下穿刺抽液可缓解症状。
合并感染的肝囊肿可能发展为肝脓肿。细菌感染时会出现发热、右上腹持续性疼痛，血液检查可见白细胞升高。需进行抗生素治疗，严重者需经皮引流。糖尿病患者或免疫力低下人群更易出现此类并发症。
极少数情况下肝囊肿可能发生破裂或出血。外伤或自发破裂会导致急性腹痛，出血性囊肿可能引起失血性休克，需紧急就医处理。多囊肝患者更需警惕这种风险，建议定期随访腹部超声。
肝囊肿恶变概率极低，但短期内迅速增大的囊肿需排除囊腺癌可能。若影像学检查显示囊壁增厚、内部有实性成分或血流信号，需通过肿瘤标志物检测或病理活检明确诊断。
