隐形牙套不适合存在严重牙周疾病、牙齿严重拥挤或错位、无法坚持佩戴、儿童乳牙期及有特定咬合问题的患者。隐形牙矫正的适用性需结合口腔健康状况、依从性及咬合功能综合评估，建议正畸医生全面检查后决定治疗方案。
牙周炎或牙龈萎缩严重的患者佩戴隐形牙套可能加重牙槽骨吸收。牙周疾病会导致牙齿支持组织薄弱，矫治力可能加速牙齿松动。需先完成牙周治疗并稳定病情，通常采用龈下刮治、翻瓣手术等控制炎症，待牙周探诊深度和出血指数达标后再评估正畸可行性。牙齿重度拥挤或扭转超过一定角度时，隐形矫治器难以提供足够机械力实现三维移动。传统托槽可更精准控制牙齿位移方向，严重骨性错颌可能需正颌手术联合治疗。
每日佩戴时间不足的患者无法达到预期效果。隐形牙套需每天佩戴至少20小时，仅进食和刷牙时取下。自律性差者可能出现矫治器丢失或损坏，导致疗程延长。儿童乳恒牙替换期颌骨发育未完成，牙根未完全形成，过早干预可能影响牙胚发育。深覆颌、开颌等复杂咬合异常患者，隐形矫治对垂直向控制效果有限，可能需要辅助颌间牵引或功能性矫治器。
佩戴隐形牙套期间需加强口腔清洁，使用牙线及冲牙器防止龋齿。避免饮用含糖饮料或染色食物，防止矫治器变色。定期复查监测牙根吸收情况，出现矫治器不贴合或牙齿疼痛加剧应及时复诊。正畸结束后需按医嘱佩戴保持器，防止复发。
