小肠间质瘤属于潜在恶性的肿瘤，部分可能发展为癌症。小肠间质瘤的恶性程度与肿瘤大小、位置、细胞分裂活性等因素有关，主要有低度恶性潜能、中度恶性潜能、高度恶性潜能、局部侵袭性、转移性等类型。
体积较小且细胞分裂活性低的小肠间质瘤通常表现为低度恶性潜能，这类肿瘤生长缓慢，转移概率较低，通过手术完整切除后预后较好。病理检查显示核分裂象少于5个/50高倍视野的肿瘤多属于此类，患者术后定期随访即可。
当肿瘤直径超过5厘米或核分裂象超过5个/50高倍视野时，可能具有中度或高度恶性潜能。这类肿瘤细胞增殖活跃，可能侵犯周围组织或发生肝转移、腹膜转移。部分病例会伴随消化道出血、肠梗阻等急症表现，需通过增强CT或PET-CT评估转移情况。
小肠间质瘤的诊断需结合免疫组化检测，约95%的病例表达CD117抗原。治疗以手术切除为主，对中高危患者需联合甲磺酸伊马替尼等靶向药物进行辅助治疗。术后每3-6个月需复查腹部影像学，监测复发迹象。日常应注意避免腹部外伤，出现腹痛、黑便等症状时及时就医。
