熊胆粉滴眼液与部分药物存在配伍禁忌，需避免联合使用。常见不宜合用的药物包括含重金属成分的滴眼液如硝酸银滴眼液、碱性药物如碳酸氢钠滴眼液以及抗凝药物如华法林。
含重金属成分的滴眼液可能与熊胆粉中的生物活性物质产生沉淀反应，降低药效并增加眼部刺激风险。硝酸银滴眼液常用于新生儿结膜炎预防，若需使用应与熊胆粉滴眼液间隔至少2小时。
碱性药物会改变熊胆粉滴眼液的pH值环境，导致有效成分分解失效。碳酸氢钠滴眼液用于中和酸性化学伤时，需避免与熊胆粉滴眼液同期使用。
熊胆粉中的胆汁酸成分可能增强抗凝药物作用，增加出血风险。口服华法林的患者使用熊胆粉滴眼液时，建议监测凝血功能指标。
