肛门内疼痛可能由肛裂、痔疮、肛窦炎、直肠脱垂或肛周脓肿等原因引起，可通过药物缓解、温水坐浴、手术干预等方式治疗。
肛裂是肛门内疼痛最常见的原因之一，多因大便干燥划伤肛管皮肤导致。典型表现为排便时刀割样疼痛，便后可能持续数小时。轻微肛裂可通过增加膳食纤维、保持肛门清洁促进自愈，严重者需使用硝酸甘油软膏或局麻药缓解痉挛。
痔疮分为内痔和外痔，内痔脱出或血栓性外痔均可引发肛门内胀痛。久坐、便秘或妊娠期腹压增高是主要诱因，常伴有便血或肛门异物感。初期可通过马应龙痔疮膏等药物消肿止痛，反复发作的Ⅲ度以上痔疮需考虑胶圈套扎或痔切除术。
肛窦炎是肛窦部位的感染性炎症，疼痛呈持续性且排便后加重，可能伴随肛门坠胀和分泌物增多。发病与腹泻、免疫力下降有关，确诊后需口服甲硝唑联合左氧氟沙星抗感染，配合高锰酸钾坐浴改善局部循环。
直肠脱垂患者可能出现肛门内隐痛，尤其在久站或咳嗽后加重。老年盆底肌松弛或慢性便秘者易发，可见直肠黏膜从肛门脱出。轻度脱垂可通过提肛运动增强肌肉力量，完全性脱垂需进行Altemeier手术等修复治疗。
肛周脓肿引起的疼痛最为剧烈，常伴有发热和局部红肿。糖尿病或克罗恩病患者风险较高，需急诊切开引流并静脉注射头孢类抗生素。若脓肿破溃未及时处理可能形成肛瘘。
