电子肛门镜检查通常不会造成剧烈疼痛，多数患者仅感到轻微不适。检查过程中的感受主要与肛门敏感度、医生操作熟练度、患者放松程度等因素相关。
生理性因素中，肛门括约肌紧张是常见不适来源。检查前进行深呼吸训练可有效放松肌肉，配合医生指令调整体位能减少牵拉感。部分人群对异物插入存在心理恐惧，检查前与医护人员充分沟通可缓解焦虑情绪。
病理性因素可能与痔疮急性发作、肛裂未愈等情况有关，通常表现为检查时局部刺痛或灼热感。存在活动性出血或严重肛周感染时需暂缓检查。对于既往有肛门手术史的患者，瘢痕组织可能增加检查难度。
检查前2小时建议排空粪便，清洁灌肠可减少镜检时的阻力感。采用直径较细的电子肛镜如8-10毫米能显著降低不适，现代设备配备的润滑剂和局部麻醉凝胶也有助减轻刺激。儿童或特别敏感者可考虑在镇静状态下完成检查。
极少数情况下可能出现短暂性肛门坠胀感，通常半小时内自行缓解。若检查后持续疼痛超过24小时或出现便血，需及时返院排除黏膜损伤。严重直肠脱垂、肛门狭窄等特殊病例建议在麻醉监护下进行改良式检查。
