肌肉萎缩主要表现为肌肉体积缩小、肌力下降和运动功能受限。早期症状包括肌肉变薄、肢体围度减少，进展期可能出现肌纤维震颤、活动耐力降低，严重时可导致关节挛缩和瘫痪。
肌肉萎缩的早期表现以局部肌肉变薄为主，患者可能发现上肢或下肢较健侧明显变细，测量肢体围度可发现数值减小。部分患者会伴随轻度乏力感，但日常活动尚不受限，常见于废用性萎缩或神经源性萎缩早期。
进展期症状包括肌力进行性下降，患者可能出现持物不稳、上下楼梯困难等表现。神经源性萎缩可能伴随肌束震颤肉眼可见的肌肉不自主抽动，脊髓前角病变引起的萎缩常伴有肌张力减低。代谢性肌萎缩可能伴随肌肉酸痛或压痛感。
终末期患者可能出现关节挛缩和瘫痪。长期肌力失衡会导致肌腱缩短、关节活动受限，严重神经损伤可能引发完全性瘫痪。肌营养不良症晚期可能累及呼吸肌和心肌，导致呼吸困难或心律失常。部分遗传性肌萎缩疾病会伴随脊柱侧弯等骨骼畸形。
肌肉萎缩的伴随症状具有病因特异性。神经源性萎缩常合并感觉异常或反射减弱，肌源性萎缩可能伴随血清肌酶升高。中枢神经系统病变引起的萎缩多伴有病理反射阳性，周围神经损伤则可能出现手套袜套样感觉障碍。
