紧急避孕药怀孕后通常对胎儿无明显影响，但需结合用药时间和剂量综合评估。紧急避孕药的主要成分是左炔诺孕酮或米非司酮，其作用机制为抑制排卵或干扰受精卵着床，若避孕失败后妊娠，药物残留可能通过胎盘影响胎儿发育。胚胎发育早期对药物敏感，但现有研究未发现明确致畸证据。
服用紧急避孕药后怀孕的情况多发生在排卵期后，此时药物已基本代谢完毕。左炔诺孕酮半衰期较短，48小时内可代谢大部分有效成分。米非司酮半衰期较长，但单次用药剂量较低。这两种药物均不改变染色体结构，国际妇产科联盟指出，意外妊娠后继续妊娠的胎儿畸形率与普通人群无显著差异。
极少数情况下，若在受精卵着床期持续暴露于高剂量孕激素，可能干扰胚胎细胞分化。动物实验显示超大剂量左炔诺孕酮可能影响胚胎神经系统发育，但人类临床数据尚未证实该风险。有病例报告提示孕早期接触米非司酮可能与肾上腺皮质功能异常相关，但缺乏大样本研究支持。
建议确认妊娠后立即进行超声检查明确孕周，完善血清HCG和孕酮监测。妊娠11-13周需完成NT超声和早期唐筛，20-24周进行系统超声排畸。整个孕期应避免接触其他致畸因素，加强产前诊断。若存在胎儿发育异常需经遗传咨询评估，多数情况下无须单纯因紧急避孕药用药史终止妊娠。
