超短波和微波治疗都是物理疗法中常用的电磁波类型，但是在治疗原理、治疗方式、适应症等方面有些区别。

1.治疗原理：超短波的原理是通过高频电磁波产生的电流和热量穿透皮肤深层组织，刺激体内组织和细胞的新陈代谢，达到止痛、消炎、促进伤口愈合等作用；微波治疗则是通过电磁波进入人体组织，沿电导机理对机体产生一定的短时高频机械振动和摩擦，产生局部升温、促进血液循环、消炎杀菌等作用，来缓解疼痛和改善病情。

2.治疗方式：超短波是采用电磁波通过皮肤深层渗透，典型的是大矩形电极和小矩形电极，外加振荡电子器来实现治疗，一般持续时间在10-20分钟；微波治疗是通过电磁波进入人体组织，常用体积共振器、平行板振子、导体柱等不同装置形式进行治疗，治疗时间通常为15分钟左右，每周1-2次。

3.适应症：超短波主要适用于骨关节疾病、软组织损伤、消炎止痛等方面的治疗，例如骨骼疼痛、关节僵硬、腰椎间盘突出症等问题；微波治疗也主要适用于骨、关节、软组织等系统炎症和慢性疼痛的治疗，如类风湿关节炎、肌肉疼痛、痛风等。

除以上相对常见区别外，还可能有其他不同，如治疗价格、治疗效果、副作用。如果身体有严重不适情况，需要采取这两种方式治疗，建议前往医院，详细咨询医生。