新生儿肠炎多数情况下可以根治。新生儿肠炎的治疗效果与病因、病情严重程度以及治疗时机密切相关，主要分为感染性肠炎和非感染性肠炎两大类。
感染性肠炎通常由病毒、细菌或寄生虫引起。病毒性肠炎以轮状病毒最常见，表现为腹泻、呕吐和发热，病程一般持续3-7天，通过补液和调整喂养即可自愈。细菌性肠炎可能由大肠杆菌、沙门氏菌等引起，需根据病原学检查选择敏感抗生素治疗。寄生虫感染相对少见，需针对性使用抗寄生虫药物。
非感染性肠炎主要包括喂养不当、乳糖不耐受或牛奶蛋白过敏等因素。喂养不当可通过调整喂养方式和频率改善。乳糖不耐受需改用无乳糖配方奶粉。牛奶蛋白过敏需要深度水解或氨基酸配方奶粉喂养。
少数情况下，新生儿肠炎可能合并严重并发症，如脱水、电解质紊乱或坏死性小肠结肠炎。出现持续呕吐、血便、腹胀或精神萎靡等症状时需立即就医。极少数先天性代谢异常或免疫缺陷导致的慢性肠炎需要长期管理。
新生儿肠炎治愈后通常不会遗留后遗症，但早产儿或低出生体重儿需定期随访生长发育情况。母乳喂养、规范消毒奶具和避免接触感染者是有效的预防措施。
