酪酸梭菌活菌散不能与抗菌药物、吸附剂、抗酸药、免疫抑制剂以及活疫苗合用。酪酸梭菌活菌散是一种微生态制剂，与其他药物合用时可能影响其疗效或增加不良反应风险。
抗菌药物如阿莫西林、头孢克肟、左氧氟沙星等会直接抑制或杀灭酪酸梭菌活菌散的活性成分，导致其调节肠道菌群的功能丧失。使用抗菌药物期间及停药后一段时间内应避免合用该制剂，必要时需间隔两小时以上服用。
蒙脱石散、活性炭等吸附剂会通过物理吸附作用降低酪酸梭菌活菌散的生物利用度。两类药物同时服用时，活菌会被吸附剂包裹而无法在肠道定植发挥作用，建议间隔三小时以上分服。
奥美拉唑、铝碳酸镁等抗酸药会改变胃肠道酸碱环境，影响酪酸梭菌的存活率。胃酸被过度抑制可能导致活菌无法顺利通过胃部到达肠道，降低治疗效果，两类药物需错开两小时使用。
环孢素、他克莫司等免疫抑制剂可能增强酪酸梭菌的定植风险，尤其对免疫功能低下患者存在潜在感染隐患。使用免疫抑制治疗的患者应在医生指导下谨慎评估合用必要性。
口服脊髓灰质炎疫苗、轮状病毒疫苗等活疫苗与酪酸梭菌活菌散合用时，可能因肠道菌群变化影响疫苗免疫应答效果。建议疫苗接种前后一周暂停使用微生态制剂。
使用酪酸梭菌活菌散期间应避免饮酒及辛辣刺激饮食，保持清淡易消化食物为主。注意观察排便情况，若出现腹泻加重或新发腹胀等症状应及时就医。储存时需避光密封置于阴凉处，开封后尽快服用以保证活菌活性。与其他药物合用前建议咨询医师或药师，确保用药安全有效。
