金樱子去籽和不去籽的主要区别在于口感、药用功效及适用人群不同。去籽后口感更细腻且适合消化功能较弱者，不去籽则保留更多膳食纤维和种子特有成分。
金樱子果实中的籽含有一定量的鞣酸和粗纤维，去籽后可减少对胃肠道的刺激，更适合制作果酱或直接食用。去籽处理会损失部分种子中的多酚类物质，但能提升整体适口性，尤其适合儿童或老年人食用。金樱子籽本身具有轻微收敛作用，完整保留时可能增强对腹泻的缓解效果。
保留籽的金樱子更适合用于泡酒或煎煮药用，种子中的油脂成分有助于活性物质溶出。带籽食用时需充分咀嚼以避免消化不良，其膳食纤维含量较高，对促进肠道蠕动更有帮助。传统中医认为金樱子籽具有固精缩尿功效，针对遗尿、遗精等症状时建议保留籽使用。
使用金樱子时需根据具体需求选择处理方式，消化功能正常者可优先考虑带籽食用以获取更全面的营养成分。制作茶饮时若追求清澈口感可去籽，药用煎煮则建议保留完整果实。无论是否去籽，均应控制每日摄入量在合理范围内，避免过量引起腹胀等不适。特殊体质人群使用前建议咨询中医师意见。
