直肠神经内分泌肿瘤的治疗方案需根据肿瘤大小、分化程度和转移情况制定。直径小于1厘米的局限性肿瘤可通过内镜下切除或局部手术治愈；直径1-2厘米或低分化肿瘤需行根治性切除术；已发生转移者需结合生长抑素类似物、靶向药物等综合治疗。
内镜治疗适用于黏膜层的小肿瘤。内镜下黏膜切除术EMR和内镜黏膜下剥离术ESD能完整切除病灶，创伤小且恢复快。术后需定期复查肠镜和超声内镜，监测有无复发。
外科手术是根治的主要手段。肿瘤位于直肠上段可行低位前切除术，中下段肿瘤需考虑经肛全直肠系膜切除术TaTME或腹会阴联合切除术。手术范围需包括肿瘤周围1厘米正常组织，术中需进行快速病理检查确认切缘阴性。
对于G1/G2级神经内分泌瘤，生长抑素类似物如奥曲肽可控制激素分泌症状并抑制肿瘤进展。G3级神经内分泌癌需采用依托泊苷联合顺铂的化疗方案。晚期病例可尝试依维莫司等靶向药物或肽受体放射性核素治疗PRRT。
肝转移灶可通过肝动脉栓塞、射频消融或肝切除术处理。多学科协作诊疗MDT模式能优化治疗方案选择，涉及消化内科、肿瘤科、外科和影像科等多领域专家。
治疗后需每3-6个月复查血嗜铬粒蛋白ACgA、影像学检查，持续监测5年以上。出现排便习惯改变、便血或腹痛等症状时应及时就诊。
