巨脑回畸形多数情况下难以完全恢复。该病属于大脑皮层发育异常，神经结构改变通常不可逆，但早期干预可改善部分功能。
巨脑回畸形的预后主要与脑部异常程度相关。轻度患者可能仅表现为轻微认知或运动障碍，通过康复训练可获得生活自理能力。中度患者常伴随癫痫发作和语言发育迟缓，需抗癫痫药物配合物理治疗。重度患者多合并严重智力障碍和肢体瘫痪，需终身护理支持。
康复治疗是改善功能的主要手段。运动疗法可增强肌肉协调性，作业疗法能提高日常生活能力，语言训练有助于改善交流障碍。对于合并癫痫的患者，丙戊酸钠、左乙拉西坦等抗癫痫药物可控制发作频率。脑室分流术适用于合并脑积水的病例。
新生儿期发现异常时应尽早就诊。头颅磁共振成像能明确畸形范围，脑电图检查有助于判断癫痫风险。建议在神经科医生指导下制定个体化康复计划，定期评估发育里程碑。部分患者可能需要特殊教育支持。
