灰指甲的治疗可以说是一项大工程，一般治疗过程在2～3个月甚至更长，部分患者医治时间长达到1年。另外是多种药物联用，内服药和外用药联用，或手术方法与其他治疗联用。
其中，灰指甲的药物治疗在以前都是首选灰黄霉素，一般指甲癣需连续用2~3个月，趾甲癣则为6~10个月。目前，灰指甲的治疗药物还有盐酸特比萘芬片（倍佳）和伊曲康唑胶囊（斯皮仁诺胶囊）等新一代抗真菌药，可用于各类真菌感染，尤其适于治疗甲真菌病。
盐酸特比萘芬片
指甲真菌病：第一周每日250毫克，每日1次，口服；第2~7周，改为隔日1次，每日250毫克。
趾甲真菌病：第一周每日250毫克，每日1次，口服；第2～11周，改为隔日1次，每日250毫克。
停药后病甲好转，直至新甲完全长出。适用于甲癣或轻型趾甲癣病人，对于较重趾甲癣，每日服药法的疗程可延长至2个月。或每次250毫克，每日1次，连续服用半年。
伊曲康唑胶囊
适用于手足癣角化型伴多个甲癣者。连续治疗：每次口服200毫克，每日1次，连续服用3个月。
指甲癣：每次200毫克，每日2次，连续1周，停用3周，第5周开始按每次200毫克，每日2次服用，再连服1周。
趾甲癣：每次200毫克，每日2次，连续1周，停用7周，第9周开始按每次200毫克，每日2次服用，再连服1周。
对于少数非皮肤真菌感染的患者，建议口服伊曲康唑胶囊和盐酸特比素萘芬片行冲击治疗。
注：药物剂量需咨询药师或医师。
